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慢性菌痢需要长期而系统的治疗。 (1)一般治疗：平时注意劳逸结合，症状明显时要卧床休息。应给予少渣、富有营养、易消化、无刺激性食物。对病情较重、营养不良的患者可输血，并积极治疗胃肠道慢性病和肠道寄生虫病。 (2)抗生素的应用：应尽可能多次进行大便培养及细菌药敏试验，必要时进行乙状结肠镜检查，以作为选用药物的参考。大多数人主张联合应用两种不同类的抗菌药物，剂量应充足，疗程需较长，且需重复1～3个疗程。常用药物同急性菌痢。 (3)灌肠疗法：可使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并刺激肉芽组织新生。可用5%的大蒜浸液或0.5%～1%的新霉素100～200ml或0.5%的卡那霉素100ml，每晚保留灌肠一次，10～14天为一疗程。为防止肠道对药物的过敏，增加肠道内药物的渗透性，促进溃疡愈合，有人主张在灌肠溶液中加入0.25%普鲁卡因溶液、氢化可的松25mg或中药锡类散。 (4)肠道菌群失调的处理：发酵型肠道菌群失调，应限制乳类和豆制品。大肠杆菌数量减少时，可给乳糖和维生素C；肠球菌减少者，可给予叶酸。可服乳酶生(含厌氧乳酸杆菌)4～6g，或枯草杆菌片剂(每片含菌50亿个)，或用枯草杆菌溶液100～200ml(每毫升含活菌3亿个) 灌肠，每晚1次，疗程为2～3周，以促使厌氧菌生长，重新恢复肠道菌态平衡。 (5)菌苗治疗：应用自生菌苗或混合菌苗，隔日皮下注射一次，剂量自每日0.25ml开始，逐渐增至每日2.5ml，20天为一疗程。菌苗注入后，可引起全身性反应，并导致局部充血，可促进局部血流，增强白细胞吞噬作用，也可使抗生素易于进入病变部位而发挥效能。此外，也可试用噬菌体治疗。 慢性菌痢的总体治疗效果尚欠满意。如有显著症状而大便培养阳性，则需隔离治疗。鉴于慢性菌痢病程较长，其急性症状常有自然缓解倾向，因此，必须反复进行大便培养才能判断治疗效果。
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