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乙脑（流行性乙型脑炎）和流脑（流行性脑脊髓炎）虽然都是中枢神经系统的传染性疾病，临床表现也有一些相同之处，但它们是两种不同的疾病。
首先，流脑是脑膜炎双球菌引起的，是由带菌者或病人经呼吸道飞沫传染。乙脑是由乙脑病毒引起的，此种病毒通过蚊虫先在牲畜（如幼猪、马、牛等）中传播，而后再传播给人。
流脑流行每于冬末开始，春节盛行，到初夏就明显下降，季节性不如乙脑严格。乙脑流行有严格的季节性，大都在夏季和初秋。
两种病发病开始都有发热、头疼、恶心呕吐，典型病人可以有嗜睡、抽搐、昏迷等。
但乙脑病人没有菌血症期，不会出现皮肤淤点，也少有很快出现休克者。虽然二者重症的病人都会发生颅内压增高的种种危险症状，但乙脑病程进展不象流脑那么迅速。
流脑一般病程为7~10天左右，恢复期常在口、鼻周围起疱疹，而乙脑病程约经2周方进入恢复期，甚至在发病6个月后仍遗留神经、精神方面的症状。
其次两者的脑脊液化验结果也有很多不同。流脑在脑脊液涂片或培养时可发现脑膜炎双球菌，脑脊液浑浊如米汤,样，白细胞数和蛋白质明显增高，而糖和氯化物减少；乙脑的脑脊液呈澄清或微混，白细胞数和蛋白质仅轻度增高，糖和氯化物一般正常。
最后，流脑可用抗生素（如青霉素）控制感染，而乙脑因是病毒感染，至今尚无特殊治疗法。
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